Авиационният учебен център към авиокомпания „Еър Скорпио” ЕООД е създаден през 1999 г. и през същата година е одобрен със Сертификат № ТС 003 от Главна дирекция на „Гражданската въздухоплавателна администрация” (ГД-ГВА) към Министерство на транспорта за обучение на професионални пилоти за гражданското въздухоплаване. От 2009 г. АУЦ Еър Скорпио е одобрен като организация за летателно обучение (FTO) съгласно изискванията на JAR-FCL. До настоящия момент в АУЦ Еър Скорпио са обучени 12 последователни випуска пилоти държавна поръчка от Катедра "Въздушен транспорт" на Технически университет - София, а общия брой на обучените пилоти е над 250.

Еър Скорпио обучава персонал за техническо обслужване от 1999 г., а през Юли 2010 г получава одобрение за Организация за обучение на персонал за техническо обслужване (ООПТО) съгласно изискванията на Part 147.